Câu chuyện của StarCraft tập trung vào các hoạt động của ba chủng tộc trong một phần của dải Ngân Hà được biết đến với tên gọi Koprulu Sector. Hơn một ngàn năm trước các sự kiện trong game, một giống loài bí ẩn được biết đến với tên gọi Xel'Naga đã biến đổi gen Protoss và sau nữa là Zerg nhằm cố gắng tạo ra những thực thể thuần khiết.[5][6] Các thí nghiệm này đều đem lại kết quả trái với sự mong đợi và Xel'Naga phần lớn đều bị loài Zerg hủy diệt.[6] Nhiều thế kỷ trước khi bắt đầu StarCraft vào năm 2499, chính phủ quốc tế theo đường lối cứng rắn của Trái Đất gọi là United Earth Directorate (UED), đứng ra tổ chức một chương trình thuộc địa như là một phần của giải pháp cho nạn nhân mãn. Tuy nhiên, bộ phận máy tính tự động hoá các tàu thuộc địa mắc phải sự cố, khiến cho thực dân Terran bị đẩy xa tới tận rìa không gian Protoss.[7] Mất liên lạc với Trái Đất, họ tạo thành các phe phái khác nhau hòng duy trì lợi ích của riêng mình. Bị hấp dẫn trước hành vi và tâm lý của Terran, Protoss vẫn còn giấu mặt để khảo sát con người, trong khi bảo vệ họ khỏi các mối đe dọa khác vượt ngoài tầm hiểu biết của mình. Tuy nhiên, loài Zerg lại nhắm vào Terran nhằm đồng hóa và khai thác tiềm năng tâm linh gọi là psionic của họ,[6] đã buộc Protoss phải ra tay tiêu diệt các thuộc địa Terran bị lây nhiễm có chứa hang ổ bầy Zerg.[8]

StarCraft bắt đầu chỉ vài ngày sau những đợt tấn công đầu tiên này, chính phủ Terran chiếm được ưu thế trong khi Confederacy of Man lại rơi vào trạng thái hoảng loạn khi bị cả hai phe Zerg và Protoss tấn công cùng lúc, bên cạnh việc tăng cường hoạt động nổi dậy dưới sự lãnh đạo của Arcturus Mengsk nhằm lật đổ nền thống trị bạo ngược của Confederacy. Confederacy cuối cùng đã phải chịu thua trước phiến quân Mengsk khi họ sử dụng công nghệ Confederacy để dẫn dụ loài Zerg tấn công vào thủ đô Tarsonis của Confederacy. Chớp thời cơ khoảng trống quyền lực lúc ấy, Mengsk đã tự mình đăng quang làm hoàng đế của đế chế Terran Dominion vừa mới khai sinh. Tuy nhiên, trong lần tiến công thủ đô Tarsonis, Mengsk cho phép loài Zerg bắt sống và lây nhiễm viên chỉ huy thứ hai có năng lực tâm linh là Sarah Kerrigan. Sự phản bội này đã khiến đồng đội của Kerrigan là Jim Raynor phẫn nộ dẫn một đội quân nhỏ rời bỏ Mengsk. Khi đang rút lui cùng với Kerrigan đến chỗ hang ổ chính của chúng, Zerg bất thình lình bị lực lượng của Protoss dưới sự chỉ huy của Tassadar và dark templar Zeratul tấn công. Qua vụ ám sát một con cerebrates của Zerg, Zeratul vô tình để cho Overmind biết được vị trí quê hương loài Protoss là Aiur. Overmind nhanh chóng phát động một cuộc xâm lược nhằm đồng hóa người Protoss và đạt được sự hoàn thiện về mặt di truyền. Bị chính người dân của mình truy đuổi như một kẻ dị giáo vì đứng về phía dark templar, Tassadar cùng Zeratul quay trở lại Aiur và với sự trợ giúp của Raynor và templar Fenix, Tassadar đã tung ra một cuộc tấn công dữ dội vào Overmind và cuối cùng hy sinh thân mình để tiêu diệt loài sinh vật này.[8]

Trong Brood War, phe Protoss giờ đang nằm dưới sự thống lĩnh của Zeratul và Artanis. Họ bắt đầu sơ tán cư dân còn sống sót của Aiur đến quê hương Shakuras của dark templar dưới một liên minh mỏng manh giữa hai nhánh Protoss đang nghi ngờ lẫn nhau. Tại Shakuras, họ bị Kerrigan lừa tấn công vào loài Zerg để cô ta có thời giờ lo củng cố quyền lực toàn thể cộng đồng loài Zerg. Trò gian trá này diễn ra sau khi cô ta tiết lộ rằng một Overmind mới đã bước vào thời ký ấp trứng. Trong khi đó, Trái Đất quyết định can thiệp vào khu vực này, gửi một hạm đội tới chinh phục Terran Dominion và bắt cho bằng được Overmind mới. Dù thành công khi chiếm được thủ đô Korhal của Dominion và nô dịch hóa Overmind, những nỗ lực của UED nhằm bắt giữ Mengsk đang bị cản trở bởi một điệp viên hai mang làm việc cho Kerrigan là Samir Duran. Kerrigan, liên minh với Mengsk, Fenix ​​và Raynor, bèn phát động một chiến dịch chống lại UED, tái chiếm Korhal. Tuy nhiên, cô ta bổng nhiên trở mặt với đồng minh của mình, Fenix ​​và Duke đều thiệt mạng trong các cuộc tấn công tiếp theo. Kerrigan sau đó đã hăm dọa Zeratul tiến vào giết Overmind mới, tạo điều kiện cho cô ta nắm toàn quyền kiểm soát toàn thể loài Zerg. Sau khi đánh bại một cuộc tấn công trả đũa của Protoss, Dominion và UED, góp phần vào việc phá hủy chiếc cuối cùng trong hạm đội UED, Kerrigan và bầy đàn Zerg của cô trở thành thế lực thống trị trong vùng.[9]

Bốn năm sau đó, trong Wings of Liberty, Kerrigan và Zerg đột nhiên biến mất khỏi Koprulu Sector, cho phép phe Protoss một lần nữa lại đảm nhận vai trò thụ động trong thiên hà. Trong khi đó, Raynor tạo thành một tổ chức cách mạng mang tên Raiders để lật đổ ách thống trị của Mengsk. Tại Mar Sara, Raynor giải phóng người dân địa phương khỏi sự kiểm soát của Dominion và còn phát hiện ra một thành phần của một di vật bí ẩn từ chủng tộc Xel'Naga. Zerg đột ngột xuất hiện ồ ạt và tràn vào Mar Sara, buộc Raynor phải sắp xếp một cuộc di tản đến chiến hạm không gian Hyperion. Tổ chức kháng chiến Raiders tham gia vào một loạt phi vụ hòng làm suy yếu chế độ độc tài của Mengsk, ngăn chặn sự phá hoại liên tiếp của Zerg lên thế giới Terran, tập hợp các cá nhân có năng lực tâm linh mang lại lợi ích về quân sự, và tìm kiếm những mảnh còn sót lại của cổ vật Xel'Naga, mà họ bán cho Moebius Foundation đầy bí ẩn nhằm tài trợ cho cuộc cách mạng của họ. Ngay sau đó, Zeratul mang một viên tinh thể chứa năng lực tâm linh cho phép Raynor chia sẻ tầm nhìn liên quan đến một lời tiên tri đáng ngại về chủng loài pha trộn Zerg-Protoss và một bầy Zerg bị bắt làm nô lệ đã quét sạch Terrans và Protoss. Viễn cảnh này cho thấy rằng chỉ có Kerrigan mới đủ sức mạnh để ngăn chặn việc xóa sổ mọi sự sống trong khu vực và xa hơn nữa. Sau khi thu thập được nhiều mảnh cổ vật, Raiders kết thành đồng minh với Valerian Mengsk, con trai của Arcturus và cũng là ân nhân bí mật của họ từ Moebius Foundation. Sau khi thu hồi mảnh cổ vật cuối cùng, Valerian và Raynor bắt tay nhau kéo quân xâm nhập vào thế giới Char của Zerg và sử dụng cổ vật đó để khôi phục lại nhân tính cho Kerrigan, do đó làm suy yếu loài Zerg khiến phần lớn hạm đội Dominion bị tổn thất nặng. Tuy nhiên, một đặc vụ của Arcturus cố gắng đoạt lấy mạng sống của Kerrigan khiến cho Raynor phải đứng ra bảo vệ Kerrigan và đưa cô ấy đi cứu chữa vết thương.

Trong Heart of the Swarm, Dominion phát hiện ra nơi Raynor và Kerrigan đang ẩn náu bèn điều động lực lượng tới tấn công họ. Kerrigan kịp thời trốn thoát, nhưng bị tách rời khỏi Raynor và mới hay rằng anh ta đã bị bắt và bị hành hình, cô bèn quay trở lại lãnh thổ của loài Zerg đoạt lại quyền kiểm soát thuộc về mình và truyền lệnh tấn công Mengsk trả thù cho Raynor. Trong suốt cuộc hành trình, Kerrigan đã có một cuộc gặp gỡ với Zeratul và nhận được lời khuyên nên đi đến Zerus, quê hương ban đầu của loài Zerg, nơi cô không chỉ lấy lại được sức mạnh của mình với tên gọi Queen of Blades, nay trông mạnh mẽ hơn bao giờ hết, mà còn biết rằng một linh hồn của chủng tộc Xel'Naga tên là Amon chịu trách nhiệm khiến cho bầy Zerg trở thành một đàn thú hoang dại hiếu chiến, bị ràng buộc với ý chí tàn phá duy nhất. Sau khi đối đầu đạo quân những bầy tôi của Amon, bao gồm cả giống loài lai giữa Protoss-Zerg, Mengsk thông báo cho Kerrigan biết rằng Raynor vẫn còn sống và dùng anh ta làm con tin để ngăn chặn cô tấn công Dominion, địa điểm giam giữ Raynor được giữ bí mật, mãi đến khi cô gia nhập vào lực lượng với Hyperion thì mới xác định ra chỗ giam cầm Raynor và đến giải cứu anh ta. Tuy vậy, khi trông thấy Kerrigan bỏ đi nhân tính và trở lại hình thể của loài Zerg, Raynor bị sốc và rất tức giận, dù Kerrigan thú nhận rằng cô yêu anh và cho phép Raynor giết cô nhưng anh ta không thể làm vậy và nói rằng hai người đã xong việc với nhau. Kerrigan sau đó chuyển sự chú ý của cô tới Korhal và gửi quân mình triệt hạ Mengsk một lần và mãi mãi. Tuy nhiên, trong suốt cuộc quyết chiến giữa hai người, Mengsk sử dụng cổ vật làm bất động toàn thân cô, Raynor đã có mặt đúng lúc để cản trở Mengsk và đập tan chiếc điều khiển cổ vật trong tay hắn. Kerigan sau cùng mới kết liễu mạng sống của Arcturus Mengsk. Toàn bộ quyền hành của đế chế Dominion rơi vào tay Valerian, con trai của Mengsk, Kerrigan bèn chào tạm biệt Raynor và khởi hành cùng với bầy Zerg để đối đầu với đại quân của Amon.

Trong Legacy of the Void, Zeratul xâm nhập vào một khu căn cứ của Terran dưới sự kiểm soát của Amon để xác định chính xác địa điểm hồi sinh của hắn, nhân cơ hội lực lượng của Kerrigan và bầy Zerg đột kích vào đây. Sau khi nắm được vị trí xác thực, Zeratul khởi hành đến một ngôi đền cổ xưa của chủng tộc Xel'Naga và mơ thấy Tassadar xúi giục ông phải đòi lại cổ vật đang nằm trong tay phe Terran. Zeratul sau đó quay trở về cảnh báo Artanis về sự trở lại của Amon nhưng ông vẫn quyết định tiếp tục kế hoạch dẫn quân tới giành lại Aiur. Tuy nhiên, Amon đã thức tỉnh trên vùng đất Aiur và nắm quyền kiểm soát đa số chủng tộc Protoss qua Khala, mối liên kết thần giao cách cảm giúp hợp nhất tất cả những cảm xúc dành cho người Khalai của Protoss. Chỉ riêng Zeratul và Nerazim, Dark Templar là miễn nhiễm do họ thiếu mối dây liên kết với Khala, và Nerazim tiến đến giải cứu nhiều người Khalai bằng cách cắt đứt các dây thần kinh của họ dùng để kết nối với Khala, Zeratul đã hy sinh bản thân mình trong lúc cứu lấy tính mạng Artanis. Sau khi thoát khỏi hành tinh này bằng một chiến hạm cổ xưa mang tên Spear of Adun, Artanis đã đòi lại được cổ vật như Zeratul đề nghị và thu thập các đồng minh trong số nhiều bộ tộc Protoss rải rác khắp thiên hà nhằm gầy dựng lại quân đội của mình và tung ra một cuộc tấn công khác vào Aiur. Sử dụng quyền năng của Cổ vật, lực lượng của Artanis phải tìm mọi cách ngăn cản bản chất của Amon, tranh thủ thời gian để cho những người Khalai Protoss khác vẫn còn nằm dưới sự kiểm soát của hắn cắt đứt các dây thần kinh của họ và trục xuất Amon đến Void.

Trong một đoạn kết ngắn sau khi kết thúc Legacy of the Void, Kerrigan gọi cho Artanis và sự giúp đỡ của Raynor để đối đầu với Amon bên trong Void nhằm kết liễu số mệnh của hắn. Tình cờ, họ được gặp Ouros, người cuối cùng của chủng tộc Xel'Naga đã tiết lộ rằng cách tốt nhất để tiêu diệt Amon là Kerrigan phải kế thừa bản chất của cô và trở thành một người Xel'Naga, như chính Ouros là người cuối cùng sở hữu quyền năng này. Nhờ sự hỗ trợ của liên quân Zerg, Terran và Protoss, Kerrigan đã đánh bại Amon, trước khi biến mất không để lại tung tích nào. Hai năm sau đó, Kerrigan bất ngờ xuất hiện trước mặt Raynor trong hình dạng con người và cả hai cùng nhau tới một nơi nào đó sinh sống mà kể từ đấy chẳng còn ai nghe nói gì về họ nữa, trong khi các phe Zerg, Terran và Protoss bắt đầu gầy dựng lại nền văn minh của mình trong một thời đại hòa bình và thịnh vượng.